Институт
биоорганической химии

Группа ученых из Лаборатории молекулярных основ эмбриогенеза ИБХ РАН совместно с коллегами из лаборатории математических методов и моделей в биоинформатике ИППИ РАН разработала биоинформатический метод, позволяющий прицельно находить гены, появившиеся или наоборот исчезнувшие на определенном этапе эволюции. С помощью этого метода был найден ряд генов, исчезнувших у теплокровных животных, в том числе у человека. Для дальнейшего изучения был выбран только один из таких генов, кодирующий неизвестный ранее белок, и на его примере была подтверждена справедливость гипотезы о роли исчезнувших генов в прогрессивном развитии головного мозга и в потере регенерационной способности у теплокровных. При этом, этот трансмембранный белок (c-Answer) является новым модулятором FGF и ADP сигнализации. Результаты опубликованы в журнале Cell Reports. Подробнее

Сотрудники Лаборатории молекулярной токсинологии совместно с учеными Института наук о прикладных материалах Вьетнамской академии наук и технологий показали, что включение дипептида IleTrp (IW) и аденозина (Ado) в наноматериалы существенно повышает их антикоагулятную активность. Ado и IW были включены в термочувствительный наногель, состоящий из гепарина, к которому ковалентно присоединен полимер плюроник P123. При измерении биологической активности in vivo было обнаружено, что инкапсуляция этих соединений в наноматериал значительно усилила их действие, что выражается в увеличении времени кровотечения. Исследование опубликовано в журнале Nanomaterials. Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований. Подробнее

База данных VDJdb, содержащая последовательности Т-клеточных рецепторов (TCR) с охарактеризованной специфичностью, была создана группой сотрудников отдела Геномики адаптивного иммунитета ИБХ в сотрудничестве с зарубежными коллегами в 2017 году. В недавно опубликованной статье в Nucleic Acid Research авторы представили обновленную версию, включающую два дополнительных режима анализа данных. Обновленная версия содержит более 60 000 последовательностей TCR человека, мыши и других позвоночных, для которых показана специфичность к более чем 200 эпитопам из белков различных патогенов и селф-антигенов. Обновление также включает несколько дополнительных способов анализа. Внесенные дополнения и расширение объема VDJdb существенно повышает эффективность использования этого инструмента при исследовании системы адаптивного иммунитета. Подробнее

Группа сотрудников Лаборатории функциональной геномики и протеомики растений ИБХ совместно с учёными из ФНКЦ ФХМ и ИБМХ опубликовала исследование коротких открытых рамок у модельного организма – мха Physcomitrella patens – в авторитетном международном журнале Genome Research. Авторы идентифицировали около 70 000 транскрибирующихся коротких открытых рамок считывания, расположенных на длинных некодирующих РНК и различных частях матричных РНК. Протеомными и пептидомными методами была обнаружена трансляция пептидов от нескольких десятков коротких рамок. Анализ мутантных линий мха с нокаутом и сверхэкспрессией некоторых из них, расположенных на длинных некодирующих РНК позволил выявить, что кодируемые пептиды играют важную роль в регуляции роста и развития мха. Исследование выполнено при поддержке Российского Научного Фонда. Подробнее

Биолюминесценция, «холодный свет», излучаемый живыми организмами, - это широко распространенное природное явление. В его основе лежит катализируемая ферментом реакция окисления низкомолекулярного субстрата, энергия которой высвобождается в виде света. Для более чем 40 известных на данный момент биолюминесцентных систем известны структуры всего 9 субстратов – люциферинов, причем полный путь биосинтеза, для которого были бы известны все ферменты участники, описан лишь для двух из них. Совместные усилия международной команды ученых привели к открытию нового люциферина из морской полихеты Odontosyllis undecimdonta. Описание структур трех ключевых низкомолекулярных компонентов биолюминесцентной системы Odontosyllis, представленное в статье, опубликованной в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences USA, позволило так же прояснить молекулярные основы биолюминесценции данного организма. Подробнее