Институт
биоорганической химии

Ученые создали генетически кодируемый инструмент Grubraw, который способен генерировать в матриксе митохондрий пируват – один из главных субстратов окислительного метаболизма. Активность Grubraw увеличивала интенсивность аэробного метаболизма митохондрий в опухолевых клетках и замедляла скорость роста опухолевых клеток в культуре и в модели ксенотрансплантатов в мышах. При этом наблюдалось уменьшение транскрипции генов, связанных с репликацией ДНК и пролиферацией. Кроме того, оказалось, что опухолевые клетки противодействуют влиянию Grubraw, выводя часть сгенерированного пирувата во внеклеточную среду. Результаты исследования, поддержанного грантом РНФ № 23-75-30023, опубликованы в журнале Nature Chemical Biology. Подробнее

Впервые показано, что системин, изначально открытый как октадекапептидный регулятор стрессовых реакций растений в ответ на атаку фитофагов, — обладает защитным потенциалом против вирусных патогенов. В контролируемых условиях проводилось искусственное заражение коммерческого сорта картофеля Индиго наиболее вредоносным, экономически значимым Y вирусом картофеля (штаммы PVY^O и PVY^NTN). Фолиарное опрыскивание растений водным раствором системина картофеля StPep I, полученного путем твердофазного пептидного синтеза, привело к существенному снижению накопления вируса в зараженных растениях картофеля. Полученные результаты показывают, что синтетический системин картофеля может быть перспективен для разработки в качестве сигнального биостимулятора для повышения устойчивости картофеля к вирусным патогенам. Работа опубликована в журнале Biomolecules.

Ученые из ГНЦ ИБХ РАН и их коллеги изучили природный антимикробный пептид Rip-2 из насекомого Riptortus pedestris, родственный танатину, и показали, что его более выраженная активность по сравнению с танатином может быть связана с наличием C-концевого остатка фенилаланина. Генетический отбор устойчивых клонов E. coli выявил замену R76C в белке LptA – компоненте системы транспорта липополисахарида. Мутагенез пептида, анализ природных гомологов и структурное моделирование позволили предложить проверяемую модель, в соответствии с которой Phe18 пептида Rip-2 участвует во взаимодействии с LptA-зависимой мишенью. Работа уточняет механизм действия танатин-подобных пептидов и может помочь в рациональном дизайне новых антибиотиков. Подробнее

Т-клетки узнают заражённые и опухолевые клетки по молекулярным меткам на их поверхности, и знание того, какой рецептор к какой метке подходит, лежит в основе клеточных терапий рака и вакцин нового поколения. Недавняя независимая проверка подтвердила лишь около половины записей в мировых базах таких соответствий. Учёные из ИБХ РАН и их коллеги показали, как отделить надёжное от ошибочного: предложенный статистический фильтр выделяет ядро записей, которые подтверждаются в эксперименте в 81% случаев против 38% для остальных. Более того, многие «неудачи» оказались ошибкой разметки, а не отсутствием распознавания. Работа опубликована в журнале Nature Methods. Подробнее

Селективное встраивание молекул, имеющих липидный якорь, в мембранные рафты открывает перспективы для прицельного изучения организации рафтов и входящих в их состав отдельных молекул — как пептидной, так и гликанной природы. В качестве кандидата на проявление рафт-селективности было синтезировано производное холестерина - гликолипид, в котором атом кислорода в положении 3β заменен на группу NH. Хотя этот гликолипид встраивался и в другие участки мембраны, значительная его часть обнаруживалась именно в рафтах, тогда как его кислородсодержащий аналог (с природным 3β-O-холестерином) встраивался исключительно в нерафтовые области мембраны. Сравнение нескольких аналогов указывает на алгоритм дизайно следующего поколения молекул, способных более специфично встраиваться в рафты. Работа опубликована в журнале Molecules.