Пресс-центр / Дайджест
Уникальный структурный фолд LonBA-протеазы из Bacillus subtilis – представителя вновь выявленного подсемейства Lon-протеаз
При исследовании АТР-зависимых Lon-протеаз – участников системы контроля качества клеточного протеома – сотрудниками Лаборатории химии протеолитических ферментов ИБХ РАН совместно с коллегами из Национального института онкологии (Фредерик, США) обнаружена группа ферментов, в которых сочетаются структурные особенности, присущие членам ранее изученных базовых подсемейств LonА и LonВ. Предложено рассматривать эти ферменты как новое «гибридное» подсемейство LonBA. Рентгеноструктурным анализом LonBA из Bacillus subtilis (BsLonBA) установлено, что протеазные (Р) домены ферментов нового подсемейства имеют уникальный для Lon- протеаз фолд. Экспериментально определенная структура Р-домена BsLonBA совмещена с модельной структурой АТР-азного компонента фермента, построенной с помощью программы AlphaFold2. Проведено сопоставление предсказанной структуры полноразмерной BsLonBA с известными структурами LonA- и LonB-протеаз. Обсуждаются возможные особенности функционирования LonBA-протеаз. Работа опубликована в International Journal of Molecular Sciences.
Долгосрочная динамика клонального репертуара Б-лимфоцитов: персистирование клонов Б-клеток памяти и позитивная селекция при реактивации и дифференцировке в антитело-секретирующие популяции
Сохранение клонов Б-клеток и возможность тонкой «подстройки» специфичности их рецептора (BCR) к изменениям в структуре антигена позволяет эффективно развивать иммунный ответ в случае повторного контакта с патогенами. Группа ученых из Отдела геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН, совместно с коллегами из ИППИ и Сколтеха, охарактеризовали свойства и динамику репертуаров BCR Б-клеток памяти, и антитело- секретирующих клеток здоровых доноров в течение длительного периода наблюдения. Репертуар BCR Б-клеток памяти отличается от репертуара наивных Б- клеток, в значительной степени уникален для донора и стабилен во времени. Филогенетический анализ свидетельствует о действии позитивного и негативного отбора, обеспечивающих созревание аффинности BCR при реактивации и сохранение функциональности и антигенной специфичности BCR для персистирующих клонов. Работа опубликована в журнале eLife.
Модель трансмембранного домена S-белка SARS-CoV-2, обладающая уникальной стабильностью
Инструменты, разработанные в Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН, легли в основу комплексного подхода для создания модели трансмембранного домена (ТМД) S-белка SARS-CoV-2. Кроме построения на шаблоне использовались анализатор молекулярного гидрофобного потенциала (МГП) Platinum, утилита для предсказания структуры димеров PREDDIMER и подстройка “динамических МГП портретов” при расчете молекулярной динамики. Итоговая модель - единственная созданная с учетом липидного окружения и принципов упаковки α-спиральных ТМД - оказалась чрезвычайно устойчива в модельном бислое, больше, чем альтернативные модели и недавно опубликованная ЯМР-структура, в том числе при ацилировании лежащих ниже ТМД остатков. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Рецепторная тирозинкиназа IRR регулирует скорость раннего развития Xenopus laevis
Сотрудники Лаборатории молекулярных основ эмбриогенеза, Лаборатории клеточной биологии рецепторов и Группы молекулярной физиологии ИБХ РАН совместно с коллегами из Федерального исследовательского центра «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, Swiss Federal Institute of Technology Lausanne (EPFL) и European Bioinformatics Institute впервые продемонстрировали, что рецепторная тирозинкиназа IRR регулирует скорость раннего развития шпорцевой лягушки Xenopus laevis. Результаты данной работы опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Влияние применения экзогенной дцРНК против Y вируса картофеля на РНК интерференцию, неспецифический иммунитет и метаболизм поли(АДФ-рибозы) в растениях картофеля
В настоящее время активно разрабатываются методы ингибирования вирусной инфекции, индуцированные опрыскиванием растений препаратами специфических двуцепочечных РНК (дцРНК). Сотрудники Лаборатории функциональной геномики и протеомики растений, Лаборатории Молекулярной диагностики и Лаборатории молекулярных основ стрессоустойчивости растений ИБХ РАН совместно с коллегами из ООО «Дока-Генные Технологии» изучили вклад двух механизмов, индуцируемых дцРНК (специфической РНК-интерференции и неспецифического иммунитета), в противовирусную защиту растений картофеля при использовании дцРНК Y вируса картофеля. В работе показано, что экзогенное нанесение дцРНК-YВК на листья картофеля приводит к накоплению YВК-специфических малых интерферирующих РНК, маркера РНК интерференции, и транскриптов ряда генов, относящихся к неспецифическому иммунитету. Результаты исследования опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее