Пресс-центр / Дайджест
Модель трансмембранного домена S-белка SARS-CoV-2, обладающая уникальной стабильностью
Инструменты, разработанные в Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН, легли в основу комплексного подхода для создания модели трансмембранного домена (ТМД) S-белка SARS-CoV-2. Кроме построения на шаблоне использовались анализатор молекулярного гидрофобного потенциала (МГП) Platinum, утилита для предсказания структуры димеров PREDDIMER и подстройка “динамических МГП портретов” при расчете молекулярной динамики. Итоговая модель - единственная созданная с учетом липидного окружения и принципов упаковки α-спиральных ТМД - оказалась чрезвычайно устойчива в модельном бислое, больше, чем альтернативные модели и недавно опубликованная ЯМР-структура, в том числе при ацилировании лежащих ниже ТМД остатков. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Рецепторная тирозинкиназа IRR регулирует скорость раннего развития Xenopus laevis
Сотрудники Лаборатории молекулярных основ эмбриогенеза, Лаборатории клеточной биологии рецепторов и Группы молекулярной физиологии ИБХ РАН совместно с коллегами из Федерального исследовательского центра «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, Swiss Federal Institute of Technology Lausanne (EPFL) и European Bioinformatics Institute впервые продемонстрировали, что рецепторная тирозинкиназа IRR регулирует скорость раннего развития шпорцевой лягушки Xenopus laevis. Результаты данной работы опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Влияние применения экзогенной дцРНК против Y вируса картофеля на РНК интерференцию, неспецифический иммунитет и метаболизм поли(АДФ-рибозы) в растениях картофеля
В настоящее время активно разрабатываются методы ингибирования вирусной инфекции, индуцированные опрыскиванием растений препаратами специфических двуцепочечных РНК (дцРНК). Сотрудники Лаборатории функциональной геномики и протеомики растений, Лаборатории Молекулярной диагностики и Лаборатории молекулярных основ стрессоустойчивости растений ИБХ РАН совместно с коллегами из ООО «Дока-Генные Технологии» изучили вклад двух механизмов, индуцируемых дцРНК (специфической РНК-интерференции и неспецифического иммунитета), в противовирусную защиту растений картофеля при использовании дцРНК Y вируса картофеля. В работе показано, что экзогенное нанесение дцРНК-YВК на листья картофеля приводит к накоплению YВК-специфических малых интерферирующих РНК, маркера РНК интерференции, и транскриптов ряда генов, относящихся к неспецифическому иммунитету. Результаты исследования опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Реакции переноса протонов в мутантах по донорному сайту ESR, ретинального белка Exiguobacterium sibiricum
Микробные родопсины – интегральные мембранные белки, содержащие хромофор ретиналь и осуществляющие светозависимый транспорт ионов или другие функции. Интерес к ним во многом объясняется перспективами использования в оптогенетике с целью регуляции активности нейронов, в том числе для терапии различных заболеваний. Объектом исследований коллектива ученых из Лаборатории инженерии белка и Группы нанобиоинженерии ИБХ РАН является родопсин Exiguobacterium sibiricum (ESR). Наличие остатка лизина в положении 96, соответствующем внутрибелковому донору протонов для основания Шиффа, отличает его от бактериородопсина (БР), наиболее изученного ретинального белка. В новой работе, выполненной с участием коллег из других российских и зарубежных институтов, авторы показали, что остатки Asp или Glu в этом положении эффективно выполняют в молекуле ESR функцию донора. Однако кинетики фотоцикла и переноса зарядов в мутантах существенно отличаются от БР, что указывает на альтернативный механизм репротонирования основания Шиффа в ESR. Работа опубликована в журнале J Photochem Photobiol B.
Транскрипционный фактор SOX9 клеточно-специфическим образом регулирует множество клеточных процессов и сигнальных путей при раке поджелудочной железы
Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы (ПЖ) является одним из самых смертоносных видов рака во всем мире. Сотрудники Лаборатории структуры и функции генов человека и Группы генной иммуноонкотерапии ИБХ РАН предположили, что повышенная экспрессия эмбрионального фактора ПЖ SOX9 необходима для формирования и поддержания опухолевых фенотипов. Было обнаружено, что подавление экспрессии SOX9 приводит к клеточно-специфическим изменениям экспрессии эпителиальных и мезенхимальных белковых маркеров, а также основных генов эмбриогенеза ПЖ. Наибольшее влияние подавление SOX9 оказало на экспрессию регуляторов клеточного цикла; также наблюдалось снижение пролиферативной активности клеток рака ПЖ и активности проапоптотических каспаз в них. Результаты свидетельствуют о том, что SOX9 выполняет свои многочисленные функции плейотропного регулятора дифференцировки и промотора опухолевого роста клеточно-специфическим образом в клетках рака ПЖ. Работа опубликована в журнале Biomedicines.