Лесовой Дмитрий Михайлович
Кандидат наук Научный сотрудник (Лаборатория биомолекулярной ЯМР-спектроскопии) русский, английский методология ЯМР-спектроскопии |
с 2001 г. по 2003 г. - студент МФТИ;
с 2004 г. по 2007 г. - аспирант МФТИ;
с 2008 г. по н.в. - н.с. лаборатории биомолекулярной ЯМР спектроскопии Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Наградной диплом, получен за успешное участие в международной программе повышения квалификации европейской ассоциации молекулярной биологии «Multidimensional NMR in Structural Biology» 2010 (выдан профессором института Макса Планка (Германия), доктором Кристианом Гризингером https://www.mpibpc.mpg.de/griesinger)
Премия "Carl Storm International Diversity, Computational Aspects - Biomolecular NMR GRC". Присуждена оргкомитетом Gordon Research Conferences под руководством доктора Alexandre Bonvin http://www.bonvinlab.org/ за доклад "Graphical interpretation of side-chain 13C relaxation data. Applications to verification of theoretical molecular dynamic trajectories and interactions of membrane proteins" Италия, 2015г.
Образование
Период обучения | Страна, город | Учебное заведение | Дополнительная информация |
---|---|---|---|
2003–2007 | Россия, Долгопрудный | МФТИ | кандидат физ.-мат. наук |
1997–2003 | Россия, Долгопрудный | МФТИ | диплом магистра |
Преподавание
Период работы | Страна, город | Название курса | Дополнительная информация |
---|---|---|---|
2011–наст.вр. | РФ, Долгопрудный, Москва | МФТИ, МГУ(физический факультет, кафедра биофизики) | Обучение студентов и аспирантов МГУ(физический факультет, кафедра биофизики) и МФТИ использованию и созданию современных импульсных последовательностей для ЯМР спектрометров и анализу получаемых данных. |
2020–2022 | Швеция, Гётеборг | Университет Гётеборга | Проведение лекций и лабораторных работ «Less is more: Focused Spectroscopy (FOSY)» на ежегодных международных курсах повышения квалификации "Biomolecular NMR: An advanced hands-on PhD course" |
2016–2018 | Польша, Гданьск, Варшава, Познань | Польская Академия Наук | Проведение обучающих семинаров по работе с программами управления ЯМР спектрометрами: «NMR side-chain relaxation» и анализа релаксационных данных. |
Работа
Период работы | Страна, город | Название компании | Дополнительная информация |
---|---|---|---|
2020–2022 | РФ, Долгопрудный | МФТИ | с.н.с. |
Работа в ИБХ
2018–наст.вр. | Научный сотрудник | Лаборатория биомолекулярной ЯМР-спектроскопии |
Степени и звания
Кандидат наук (Физико-математические науки, 03.00.02 — Биофизика) |
Навыки
FOSY-ЯМР — разработана методика локального отнесение сигналов в “реальном времени”
При исследовании белков, как правило, основной интерес представляют их функционально-активные участки, которые ответственны за ключевые процессы в каскаде биологических реакций. Метод ЯМР-спектроскопии позволяет на атомном уровне взглянуть на эти процессы, однако, классические подходы неизменно включают стадию полного отнесения сигналов белка, что занимает много приборного и рабочего времени. Это зачастую является «узким местом» в драг-дизайн и существенным сдерживающим фактором для выполнения проекта в кратчайшие сроки. Разрабатываемая с 2018 года в лаборатории биомолекулярной ЯМР-спектроскопии методика FOSY (FOcused SpectroscopY) позволяет преодолеть данные ограничения, проводя отнесение сигналов интересующего участка в течение нескольких часов без последующего трудозатратного анализа полученных спектров. Разработанный подход был высоко оценён профильным сообществом на конференциях ENC, ICMRBS, Euromar, PERM, ISMAR и успешно апробирован коллегами из Швейцарии, Швеции, Испании, США, Греции и Германии.
Научные интересы
Разработка методов построения структурно-динамических моделей (СДМ) белков высокой точности. Экспериментальная составляющая включает оптимизацию и создание новых методик получения информации о конформационном наборе и внутримолекулярной динамики белка при помощи методов ЯМР спектроскопии. Особое внимание уделяется измерению параметров, характеризующих подвижность боковых цепей белка т.к. последние обладают наиболее широким конформационным пространством и непосредственно подвержены эффектам внутри- и меж-молекулярного взаимодействия, что делает их наилучшими сенсорами (в сравнении с основной цепью белка). Теоретическая составляющая СДМ включает модель белка (например, МД-траекторию), которая предоставляет детальную информацию о системе. Рассчитанный на основе этой МД-траектории набор физических измеряемых ЯМР параметров, позволяет провести количественную оценку точности и достоверности теоретической модели.
Аппробация методики осуществлялась на белках, принадлежащих различным классам: водорастворимые глобулярные белки, мембранные белки и природно неструктурированные белки. Для каждого из этих белков был оптимизирован свой набор измеряемых величин, входящий в СДМ. Предпочтение отдавалось количественным оценкам точности модели, характеризующим как энергетическо-конформационный баланс, так и динамику белка.
Работа осуществлялась в рамках руководства проектом РФФИ 1-03-00950 и далее была продолжена как составная часть выполнения работ по грантам РНФ.
Научные результаты
Разработаны методы отнесения сигналов и исследования локальных функционально-активных сайтов взаимодействия белков в растворе таких как Денге и Мальт и белков в мембранном окружении, позволивших расширить ограничения метода ЯМР-спектроскопии на размер исследуемой системы. Предложен метод измерения энергии димеризации белков в мембранном окружении, дальнейшее развитие которого позволило сделать серию публикаций, признанные рядом рецензентов "классическим подходом". Результаты работы отмечены в ряду основных научных достижений Института в 2013 и 2018 годах (http://www.ibch.ru/press/news/science/833 http://www.ibch.ru/press/news/science/2692).
Членство в сообществах
Участие в международном сообществе "Biophysical Society", Member ID Number 57295