Proc Natl Acad Sci U S A, 2020, 117(44):27300-27306

Liquid drop of DNA libraries reveals total genome information

Conventional "bulk" PCR often yields inefficient and nonuniform amplification of complex templates in DNA libraries, introducing unwanted biases. Amplification of single DNA molecules encapsulated in a myriad of emulsion droplets (emulsion PCR, ePCR) allows the mitigation of this problem. Different ePCR regimes were experimentally analyzed to identify the most robust techniques for enhanced amplification of DNA libraries. A phenomenological mathematical model that forms an essential basis for optimal use of ePCR for library amplification was developed. A detailed description by high-throughput sequencing of amplified DNA-encoded libraries highlights the principal advantages of ePCR over bulk PCR. ePCR outperforms PCR, reduces gross DNA errors, and provides a more uniform distribution of the amplified sequences. The quasi single-molecule amplification achieved via ePCR represents the fundamental requirement in case of complex DNA templates being prone to diversity degeneration and provides a way to preserve the quality of DNA libraries.

IBCH: 8867
Ссылка на статью в журнале: http://www.pnas.org/lookup/doi/10.1073/pnas.2017138117
Кол-во цитирований на 07.2024: 5
Данные статьи проверены модераторами 2020-11-13

Список научных проектов, где отмечена публикация

  1. Анализ парных вариабельных фрагментов иммуноглобулинов человека, непосредственно участвующих в развитии аутоиммунных заболеваний (6 Января 2017 года — 31 Декабря 2019 года). Ломакин Я.А.. Грант, РФФИ.
  2. Создание искусственных библиотек кластеров генов биосинтеза лантибиотиков (7 Августа 2018 года — 7 Декабря 2021 года). Смирнов И.В.. Грант, РФФИ.
  3. Структурные и кинетические особенности презентации антигенов как ключ к пониманию механизмов индукции аутоиммунных патологий и лимфомогенезиса (1 Июля 2017 года — 30 Июня 2023 года). Габибов А.Г.. Грант, РНФ.