Синтетическая биология агробактерий

Доставка ДНК в живые организмы является необходимым элементом большинства как фундаментальных, так и прикладных исследований в области молекулярной биологии и биотехнологии. В биотехнологии растений для доставки ДНК в целевой организм наиболее часто используются бактерии вида Agrobacterium tumefaciens, выработавшие в процессе эволюции эффективный аппарат переноса части плазмидной ДНК в геном организма-хозяина. В помощью агробактериальной трансформации получены большинство используемых в сельском хозяйстве сортов генно-модифицированных растений, а в научных исследованиях агробактериальная трансформация является основным методом создания трансгенных растений, а также многих плохо поддающихся генетической трансформации микроорганизмов. Несмотря на свою экономическую и научную значимость, механизм и динамика заражения и переноса ДНК при агробактериальной трансформации изучены недостаточно. В научной литературе до сих пор нет ответов на такие базовые вопросы, как взаимодействие молекул на поверхности агробактерий с клеточной стенкой растений, способы уклонения агробактерий от молекулярных защитных механизмов растений, пределы размеров переносимой последовательности ДНК. В литературе также содержатся противоречивые данные о роли отдельных растительных белков в транслокации оцДНК в ядро. Даже роль в развитии инфекции отдельных vir-генов, например VirF, не до конца прояснена. На удивление мало разработан и инструментарий для воздействия на генетику и физиологию агробактерий: в частности, до сих пор не существует систематических данных о функционировании конститутивных и индуцируемых промоторов в агробактериях, нет доступных агробактериальных инструментов оптогенетического контроля экспрессии генов, нет оптимизированных для агробактерий инструментов редактирования генома. Настоящий проект направлен на создание набора хорошо охарактеризованных генетических элементов для синтетической биологии агробактерий. Создание такого набора позволит быстро и модульно объединять различные репортерные и эффекторные генетические элементы в реплицирующиеся в агробактериях плазмиды с предсказуемой копийностью и уровнем экспрессии. Разработка набора с использованием современных подходов синтетической биологии позволит создать инструментарий, широко применимый для фундаментальных исследований этой важной группы бактерий. С его помощью можно будет также проводить точные исследования динамики и механизмов заражения растений агробактериями, механизмов интеграции геномной ДНК и взаимодействия с хроматином растений. Наконец, инструментарий для генетического редактирования агробактерий и изменения их физиологических процессов откроет возможности для создания новых штаммов с высокой эффективностью переноса ДНК в немодельные растения.

6 Января 2022 года — 31 Декабря 2024 года

Мишин А.С. (рук.)

Лаборатория оптического биоимиджинга

Грант, РНФ

Список публикаций по проекту

  1. Shakhova ES, Markina NM, Mitiouchkina TY, Bugaeva EN, Karataeva TA, Palkina KA, Fakhranurova LI, Yampolsky IV, Sarkisyan KS, Mishin AS (2022). Systematic Comparison of Plant Promoters in Nicotiana spp. Expression Systems. Int J Mol Sci 23 (23), 15441
  2. Shakhova ES, Karataeva TA, Markina NM, Mitiouchkina T, Palkina KA, Perfilov MM, Wood MG, Hoang TT, Hall MP, Fakhranurova LI, Alekberova AE, Malyshevskaia AK, Gorbachev DA, Bugaeva EN, Pletneva LK, Babenko VV, Boldyreva DI, Gorokhovatsky AY, Balakireva AV, Gao F, Choob VV, Encell LP, Wood KV, Yampolsky IV, Sarkisyan KS, Mishin AS (2024). An improved pathway for autonomous bioluminescence imaging in eukaryotes. Nat Methods 21 (3), 406–410
  3. Zhang H, Lesnov GD, Subach OM, Zhang W, Kuzmicheva TP, Vlaskina AV, Samygina VR, Chen L, Ye X, Nikolaeva AY, Gabdulkhakov A, Papadaki S, Qin W, Borshchevskiy V, Perfilov MM, Gavrikov AS, Drobizhev M, Mishin AS, Piatkevich KD, Subach FV (2024). Bright and stable monomeric green fluorescent protein derived from StayGold. Nat Methods 21 (4), 657–665
  4. Palkina KA, Karataeva TA, Perfilov MM, Fakhranurova LI, Markina NM, Somermeyer LG, Garcia-Perez E, Vazquez-Vilar M, Rodriguez-Rodriguez M, Vazquez-Vilriales V, Shakhova ES, Mitiouchkina T, Belozerova OA, Kovalchuk SI, Alekberova A, Malyshevskaia AK, Bugaeva EN, Guglya EB, Balakireva A, Sytov N, Bezlikhotnova A, Boldyreva DI, Babenko VV, Kondrashov FA, Choob VV, Orzaez D, Yampolsky IV, Mishin AS, Sarkisyan KS (2024). A hybrid pathway for self-sustained luminescence. Sci Adv 10 (10), eadk1992