Развитие туберкулезной инфекции можно рассматривать как нарушение баланса при взаимодействии «патоген-хозяин», вызванное сдвигом равновесия между иммунным ответом организма хозяина и ростом бактерий Mycobacterium tuberculosis. Одним из многообещающих подходов к лечению является иммуномодулирующая терапия, при котором защитные иммунные механизмы используются для усиления терапевтического эффекта противотуберкулёзных препаратов. Микобактерии туберкулеза активно подавляют иммунный ответ макроорганизма, экспрессируя специфические факторы и регуляторы, что способствует прогрессии заболевания. Патоген использует самые разнообразные способы уклониться от атаки макрофагов: препятствование процессам образования фаголизосом, аутофагии и апоптоза, нарушение кальциевого сигналлинга, предотвращение активации инфламмасом и модулирование цитокинового ответа, гашение реактивных форм кислорода и азота, продуцируемых макрофагами, и другие. В последнее время появляется все больше данных о молекулярных механизмах адаптации микобактерий туберкулеза, тем не менее, ученые еще далеки от полного понимания проблемы. Данный проект направлен на исследование роли РНК M. tuberculosis в модуляции иммунного ответа при инфекции. Будет определен набор бактериальных РНК, являющихся лигандами для цитоплазматических рецепторов RLR (RIG-1 подобных рецепторов) макрофагов. На основе полученных результатов будут изучены механизмы влияния РНК патогена на стимуляцию и динамику иммунного ответа. На сегодняшний день доказано, что активация RLR при туберкулезной инфекции является важнейшей составляющей врожденного иммунитета. Активно изучаются сигнальные каскады, активирующиеся при связывании микобактериальной РНК с RLR, но отсутствуют данные о конкретных РНК последовательностях, связывающихся с этими рецепторами, специфичности этого связывания, ее динамике в ходе инфекции. Конкретной задачей проекта является исследование РНК MTb, связывающейся с RIG-1 рецептором, и вызывающей активацию экспрессии интерферонов I типа. Будет проводиться полнотранскриптомный поиск RIG-связывающих MTb РНК с использованием метода РНК иммунопреципитации с последующим секвенированием (RIP-seq); будут созданы мутантные штаммы MTb с делетированными генами РНК, найденных в RIP-seq; будет проведена проверка иммуномодулирующих свойств делеционных штаммов MTb в культурах макрофагов и мышиных моделях. Также будут проведены эксперименты по воздействию антисенс-олигонуклеотидов, нацеленных на выбранные кандидатные РНК, на инфицированные макрофаги мыши RAW264.7. Выявление и исследование новых молекулярных цепей адаптации M. tuberculosis к иммунной защите хозяина при персистировании в макрофагах представляет собой важную научно-прикладную проблему, на решение которой направлен настоящий проект.