-Генеративный дизайн белков для защиты растений и управления их физиологией

Проект посвящен разработке платформы для de novo дизайна белков, предназначенных для направленного контроля физиологии растений. Основная цель – создать и адаптировать высокопроизводительную систему скрининга, способную выявлять белки-кандидаты, которые взаимодействуют с целевыми молекулами в растительных клетках. Используя генеративные методы дизайна белков и автоматизированные подходы, проект направлен на решение важных сельскохозяйственных задач, таких как защита от патогенов и повышение устойчивости растений к стрессам. Реализация проекта обеспечит фундаментальную и прикладную базу для применения инновационных белковых технологий в растительной биологии и сельском хозяйстве России.

January 6, 2025 — December 31, 2027

Yampolsky I.V. (PI)

Laboratory of Chemistry of Metabolic Pathways

Grant, RSF

List of publications

  1. Ayogu JI, Lyu M, Barykin AD, Fadeeva AA, Kaskova ZM, Anderson JC (2025). Chimeric fungal–firefly luciferins exhibit red shifted fungal bioluminescence. Org Biomol Chem 23 (44), 10186–10193
  2. Ge J, Wang T, Qu C, Balakireva AV, Yampolsky IV, Du H (2025). Biotechnologies based on the fungal bioluminescence pathway. Trends Biotechnol 44 (7), 1908–1921
  3. De A, Yampolsky I (2025). Multiplexed bioluminescence reporter assay: Empowering screening strategy for future medicine. Med Res Arch 13 (12),
  4. Kuznetsova AA, Makhin AP, Bulygin AA, Andrianova AA, Miturich VS, Zagitova RI, Shmygarev VI, Fadeeva AA, Yatskin ON, Belozerova OA, Smirnov IV, Yampolsky IV, Kaskova ZM, Kuznetsov NA (2026). Design and In Vitro Evaluation of Novel GC373-like SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors. Curr Issues Mol Biol 48 (2), 142
  5. Balakireva AV, Karataeva TA, Karampelias M, Mitiouchkina TY, Morozov VV, Macháček J, Shakhova ES, Perfilov MM, Belozerova OA, Kovalchuk SI, Palkina KA, Drážná N, Vondráková Z, Müller K, Kalachova T, Fleiss A, Fernandez-Moreno JP, Alonso JM, Stepanova AN, Fakhranurova LI, Markina NM, Gorbachev DA, Bugaeva EN, Delnova GM, Choob VV, Yampolsky IV, Petrášek J, Mishin AS, Sarkisyan KS (2026). Non-invasive imaging of defence responses in plants. Nat Commun 17 (1),
  6. Guglya EB, Shcheglov AS, Yampolsky IV (2026). Antibacterial Depsipeptides: One Common Feature, Diversity of Structures and Mechanisms of Action. Curr Med Chem ,
  7. Zamuner CK, Soares DMM, Nóbrega BB, Bechara EJH, Kaskova ZM, Mishin AS, Sarkisyan KS, Yampolsky IV, Stevani CV (2026). Caffeylpyruvate hydrolase from the bioluminescent fungus Neonothopanus gardneri is the key recycling enzyme in the fungal bioluminescence pathway. FEBS J ,
  8. Malyshevskaia AK, Barykin AD, Kisilichuk DA, Chepurnykh TV, Shakhova ES, Perfilov MM, Belozerova OA, Palkina KA, Markina NM, Zamuner CK, Soares DMM, Zagitova RI, Kaskova ZM, Stevani CV, Gorokhovatsky AY, Mishin AS, Sarkisyan KS, Yampolsky IV (2026). Fungal oxyluciferin is recycled by caffeylpyruvate hydrolases. FEBS J ,