Неоднородность ландшафта приспособленности GFP и дизайн белков на основе алгоритмов машинного обучения
Понимание взаимосвязи между генотипом и фенотипом — ландшафтом приспособленности — проливает свет на фундаментальные законы наследственности и внесет свой вклад в создание новых методов дизайна белков. В настоящей работе команда ученых из Группы синтетической биологии и Группы молекулярных меток для оптической наноскопии ИБХ РАН совместно с зарубежными коллегами использовала несколько подходов для создания новых вариантов встречающихся в природе зеленых флуоресцентных белков путем создания десятков тысяч мутантных вариантов GFP и оценки их способности флуоресцировать. Кроме того, учеными были использованы алгоритмы машинного обучения для предсказания функциональности других вариантов GFP и для расширения их ландшафта приспособленности. Опубликованные результаты показывают, что для создания функциональных вариантов белка и предсказания его функции алгоритму требуются только данные об одиночных мутациях и их влиянии друг на друга (эпистаза низкого порядка). Работа опубликована в журнале eLife. Подробнее
june 16, 2022