Модель пирофосфатного фармакофора: как низин связывает липид II
Ученые из Группы анализа структуры мембранных белков in silico и Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН предсказали структуру комплекса лантибиотика низина с предшественником бактериальной клеточной стенки — липидом II — на поверхности мембраны. С помощью компьютерного моделирования было установлено, что в основе их взаимодействия лежит способность пирофосфатной группы липида II формировать фармакофор на поверхности бислоя, который не может быть образован фосфолипидами. Было показано, что взаимное молекулярное распознавание происходит по механизму индуцированного соответствия и зависит от свойств окружающей среды. Так, среди конформационных ансамблей обоих партнеров было найдено всего одно-два состояния, подходящих для образования комплекса. Эти результаты могут быть полезны для разработки новых антибиотиков на основе низина. Работа опубликована в Scientific Reports. Подробнее
june 1, 2020