Нефункциональные клонотипы являются естественными вложенными контролями в репертуарах Т и B-клеточных рецепторов
Сотрудники Отдела геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН совместно с коллегами из НМИЦ ДГОИ им. Рогачева разработали первый полностью вычислительный метод для коррекции количественных перекосов в репертуарах генов Т и B-клеточных рецепторов (TCR и BCR), полученных с применением мультиплексной ПЦР. Такие количественные перекосы связаны с неоднородностью эффективностей праймеров и экспоненциальным характером ПЦР. В ходе данного исследования выявлены специфические для мультиплексных ПЦР аномалии в частотах сегментов, входящих в состав нефункциональных перестроек TCR и BCR. Для количественной оценки таких аномалий были предложены коэффициенты OAR, на основе которых был создан алгоритм коррекции количественных перекосов. Эффективность алгоритма подтверждена рядом независимых экспериментов. Работа опубликована в журнале eLife.
january 26, 2023